Der Bereich Querschnittsprojekte und High Performance Computing (HPC) stellt als Bindeglied zwischen den Fachbereichen des Kraftfahrwesens sicher, dass Kunden bei komplexen übergreifenden Fragestellungen "aus einer Hand" bedient werden. Der vor einigen Jahren vollzogene Eintritt des FKFS in das HPC und dessen konsequente Anwendungen in einem integrativen Ansatz, also die parallele und effiziente Nutzung von experimentellen und numerischen Methoden, trägt zur Kosten- und Zeitreduktion bei. Weiterhin hat sich das FKFS in diesem Rahmen auch als Partner bei der Entwicklung von Berechnungsmethodiken einen Namen gemacht.
Ein Beispiel der Arbeit dieses Bereichs ist die Gründung des Center for Digital Vehicle Development zusammen mit der Exa Corp., Burlington, USA.